beh, oltre a quella ci sono eventuali cartelle create per i profili che stanno +o- di solito sotto C:\Documents and Settings\NOME UTENTE\Dati applicazioni oltre alle kiavi nel registro oltre a altri eventuali file sparsi per il SO (ad esempio qualche .dll) oltre altri eventuali file qui e là....
Insomma, è meglio usare l'uninstall, se non va come primo passo potresti provare a reinstallare/upgradare il programma e riprovare la disinstallazione.
Se poi puoi specificare di che programma parliamo, magari qualcun'altro ha avuto lo stesso problema e sa dirti come risolvere.
-Ammesso e non concesso che tu non l'abbia fatto, cerca di dare più dettagli possibili sul tuo problema, sarà più facile trovare le risposte-