Domanda importantissima prima di rispondere: i file wave da cui parti sono monofonici e suonati da un solo strumento? (ad es. parti suonate da un flauto, su un piano con uno o pochi tasti alla volta, da una voce?).
Se la risposta è SI, allora ti posso proporre qualche soluzione, altrimenti non c'è molto da fare, in quanto per ora non esistono software che possano realizzare analisi talmente approfondite di un file audio da poterne ricavare un file MIDI completo di armonie, melodie e suddivisione nei vari strumenti.
Un buon programma se la risposta era positiva:
http://www.audiomaster.it/software/widi.htm