Se hai la suite nero completa, nero recode fa al caso tuo (remake di un dvd).
Tra i programmi free è ottimo dvd shrink in modalita compilation
http://www.dvdshrink.info/compilation.php
La procedura che hai usato tu con nero express (o start smart), non va bene e non serve rinominare le cartelle.
Devi prima fare il reauthoring del dvd come detto sopra (nero recode, vision o shrink).