Forse hai un po' di confusione, IDE e' il tipo di interfaccia e quindi di connessione, ATA e' la velocita' del HD.
Quindi da quello che ho capito hai due HD IDE (cavo largo 40/80 poli) per collegare 2 periferiche sullo stesso canale, stesso cavo per intenderci, uno deve essere Master ed uno Slave. il Bios non vede gli HD perche' probabilmente, sono collegati entrambi Master. Controlla il ponticello posteriore
uno deve stare Master (di solito si setta quello dove ha il sistema operativo) ed uno Slave
Se non siete sicuri di quello che scrivete, non scrivete niente, nessuno vi obbliga ed eviterete di confondere chi gia' e' confuso. Ciao..ciao