Sì, infatti, il fatto che una ventola sia in immissione piuttosto che in estrazione dipende dal verso in cui la monti, non dalla posizione. Detto questo, ti suggerirei di metterla in alto, se ne hai la possibilità, in modo da creare un flusso d'aria ordinato. L'aria calda infatti tende ad andare verso l'alto, quindi in genere la soluzione più semplice è avere le ventole di immissione in basso e quelle di estrazione in alto.