Quando installi una qualsiasi distribuzione di solito al momento di fare le partizioni ti da molte possibilità...c'era una pagina su cui ero capitato per caso che faceva un confronto fra filesystem mah ritrovarla...
Comunque di default ti dicono ext3, io metto di solito reiserfs mi ricordo che era un po' migliore ma adesso come adesso non mi ricordo...magari qualcun altro ti sa dare qualche spiegazione in più...ehehe...
appunto filesystem...ntfs no di sicuro fat e fat32 sono sconsigliatissimi...con linux hai una buona scelta tra filesystem da usare HFS, JFS, ext2, ext3, reiserfs...ecc...
io ti consiglio reiserfs...comunque qui trovi anche una guida per installare una delle distribuzioni più popolari...