Secondo me un ottimo punto per cominciare è il libro "Using Samba" di O'Reilly. Lo puoi consultare online
qui in versione HTML. Se Samba ti funziona già puoi passare più o meno direttamente al cap. 6.
Una volta che la baracca funziona (riesci ad aggiungere computer al dominio e a fare il login da windows utilizzando i profili remoti), ti consiglio di dare un occhio a questi link per ottimizzare il tutto:
http://isg.ee.ethz.ch/tools/realmen/det/skel.en.html
http://www.css.tayloru.edu/~nehresma/samba.html
Se hai problemi chiedi pure. Ho da pochi giorni finito di configurare samba come PDC per alcuni client win XP; ora sto procedendo all'ottimizzazione di cui ti ho appena parlato.