Scusa Beppe, ma non ho capito il problema
uso windows 2000 su un hd poi ho installato suse 10.0 su un altro hd (tutti e 2 ntfs)
Sei sicuro ? Magari era NTFS prima dell'installazione di Suse, poi sarà ext3 oppure un misto tra ext3 e reiserFS.
ma all'avvio mi parte sempre o uno o l'altro
Non ci vedo nulla di strano: parte W2000 o Suse; non possono partire contemporaneamente (tranne che virtualizzi uno nell'altro, ma non penso sia il tuo caso).
poi leggendo mi sono accorto che forse si avvia con lilo, bon..mi sapete dire come si fa x piacere?
In fase di installazione, ti è stato chiesto dove posizionare il bootloader (solitamente LILO o Grub). Se hai messo nell'MBR del primo disco (solitamente opzione di default), basta far avviare dal BIOS l'hard disk sul primo canale IDE - master.