In generale no, perchè inserendo il disco windows e riscrivendo il mbr si cancella il bootloader (grub o lilo a seconda della distribuzione) e si ritorna ad avere windows che parte subito all'avvio (senza quindi dover scegliere, quindi non viene toccata la partizione con windows che rimane intata.
Rimane comunque il consiglio, che quando si va a modificare partizioni e relativa tabella, di farsi un backup dei dati importanti...
gunteredit: mi sono permesso di unire il tuo topic aperto a questo preesistente perchè sono argomenti correlati...