Sì e no...
No, perchè i pacchetti sono binari con le directory di installazione predefinite (o scelte dal pacchettizzatore), d'altra parte, non utilizzando i pacchetti ufficiali, compilando da sorgenti, puoi "scegliere" la directory di installazione (non solo quella).
Quest'operazione, trascurando la complessità dovute alle risoluzione delle dipendenze, comporta alcuni ulteriori problemi, innanzittutto di sicurezza, nella tua home i permessi sono giustamente poco restrittivi, e poi, anche di "ordine", in quanto non tutti i programmi sanno che un particolare eseguibile di cui hanno bisogno è finito in una cartella "anomala".
Posso sapere come mai vuoi fare una cosa del genere?