Premesso che non sono un esperto in materia.
l'audio da un video MKV sono riuscito a eliminarlo, con questo software: MKV extra Gui + il toolnix.
http://www.videohelp.com/tools/MKVExtractGUIio ti consiglio di provare prima con questo software di uso + semplice
AVIDEMUX portable
Carichi li video MKV
1)-Audio > sorgente audio> traccia secondaria( se il linguaggio da eliminare è questo) video = Nessuna OK
Menu' principale di Avidemux
- Video = copia
Audio = copia , ma fai la modifica al punto -1
-Formato = Mkv
File > Salva Video prova. Mkv Ok, parte in automatico la procedura