No, non essere così drastico!
Che AV hai? Aggiornalo, fatti i dischi di soccorso, spegni il pc e riavvialo in modalità dos con qs dischetti di soccorso dell'AV! Poi fai partire la scansione dal dos. Tempo fa avevo un virus (non mi ricordo + il nome...) che anche lui saltellava da una parte all'altra del pc. Fattosta che ero riuscito ad eliminar circa 2000 file infetti (infettava gli html e simili) ma ne rimanevano 2 che non volevano proprio farsi beccare. Facendo la scansione dal dos li avevo pinzati ed eliminati!
Dunque, prima di formattare, prova così!!